影片主要讲述了香港民间爱国组织获悉日本生化学家龟田一郎正在为日本军方研制一批生化武器，并将投入战场使用。为了维护国家的安全，防止武器投入战场，纵队在队长程亚楠的带领下与龟田一行展开了激烈的斗智斗勇的角力的故事。 自上映之后东江密令之对手这部电影凭借其引人入胜的剧情和演员的精湛演技，受到众多观众追捧，一时间成了影迷圈常提及的话题。
