一年后，机龙（机械哥吉拉）在与哥吉拉（Godzilla）的决战中受损37%，失去了右腕和终极武器——绝对零度炮。修复团队的中条义人在八王子基地负责修复工作。某日，中条在叔叔信一的别墅度假时，婴儿岛的小美人精灵突然现身，警告他们用哥吉拉骨骸制造机龙是个错误，并预言摩斯拉将成为人类的敌人。信一试图说服老友、总理大臣五十岚中止机龙计划，但此时太平洋上再次出现哥吉拉的身影。 自上映之后哥斯拉X摩斯拉X机械哥斯拉：东京SOS这部电影凭借其引人入胜的剧情和演员的精湛演技，受到众多观众追捧，一时间成了影迷圈常提及的话题。
